A área de fisioterapia tem como principal objetivo proporcionar a pessoa com deficiência, sua independência funcional. Na APAE os alunos são atendidos diariamente de forma individual e multidisciplinar, utilizando durante os atendimentos técnicas de Conceito Neuroevolutivo Bobath; Inibição dos padrões patológicos por posicionamentos e postura e mobilizações articulares; Exercícios aeróbicos; técnicas de drenagem autógena e técnicas de intervenção recíproca; alongamentos ativos, passivos e ativo-assistidos. O trabalho visa também à prevenção, habilitação e reabilitação motora, conforme necessidades individuais apresentadas pelos alunos.
