É a área da saúde mais recente implantada na APAE e um diferencial oferecido aos alunos. Da mesma forma que o atendimento psiquiátrico, no atendimento com a neurologista os alunos acompanhados de seus pais ou responsáveis garantindo a eficiência do trabalho. A Neurologia é a especialidade médica que trata dos distúrbios estruturais do sistema nervoso. O neurologista, médico que se especializou em neurologia, é treinado para investigar, diagnosticar e tratar distúrbios neurológicos.